​​Como medida fundamental ao aprofundamento do empenhamento operacional, o Estado procura com o CNCM, criar uma entidade que tem por finalidade «regular, de forma integrada, a articulação nos espaços marítimos sob soberania e jurisdição nacional, entre autoridades de polícia, no exercício dessa autoridade, e demais entidades competentes». 

De forma a operacionalizar a cooperação entre as diversas entidades, o CNCM é definido “como órgão que visa agilizar os procedimentos de articulação entre os órgãos e serviços da Marinha/AMN e da GNR”, bem como com outras autoridades, criando uma forma de partilhar o conhecimento, de promover a confiança mútua, de aperfeiçoar a partilha da informação e o planeamento cooperativo para a execução das diversas tarefas inerentes ao exercício, eficaz e eficiente, da autoridade do Estado no mar.

O objetivo do CNCM é o de assegurar uma unidade de esforço e um quadro de colaborações, bem como, em razão da matéria, uma articulação continuada entre os diversos intervenientes, nos espaços marítimos.

Fazem parte deste Centro a AMN, a Marinha, a GNR, a Força Aérea Portuguesa (FAP), a Policia Judiciária, a Agência de Segurança Alimentar e Económica (ASAE), a Agência Portuguesa do Ambiente (APA), a Autoridade Nacional de Saúde (ANS), a Autoridade Tributária (AT), a Direção Geral dos Recursos Marítimos (DGRM), o Sistema de Segurança Interna (SSI) e a Autoridade Nacional de Proteção Civil (ANPC), quando assim o justificar.

A coordenação deste Centro é feita numa base semestral, onde rodam as seguintes entidades: Marinha, AMN, GNR, PJ, SEF, SSI e DGRM.

Neste semestre cabe à AMN coordenar o Centro. Para o efeito, foram planeadas uma serie de visitas aos diferentes órgãos da DGAM, de forma a dar a conhecer as suas capacidades e facilidades. No passado dia 4 de fevereiro, coube ao Serviço de Combate à Poluição do Mar por Hidrocarbonetos (SCPMH), efetuar a apresentação das suas capacidades. Desta forma, foi realizada uma pequena palestra com o objetivo de apresentar a estrutura do SCPMH, as suas competências, o Plano de Contingência Nacional – Plano Mar Limpo e todos os instrumentos ao seu dispor, para fazer face a um incidente de poluição. No âmbito desta visita, foi ainda realizada uma visita estática ao material do Serviço existente na Base Logística de Lisboa.

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