Embora em 1881, como reflete o Plano Geral aprovado dois anos mais tarde, se previsse a edificação de um farol na Ponta dos Ilhéus de Água Quente, acabaria em 1894 por preferir-se instalá-lo na Ponta das Lages, ou Ponta SE da Ilha das Flores. Para escolher o local da instalação do farol, foi encarregado o capitão-de-fragata Xavier de Brito. A Ponta das Lajes acha-se situada entre a Ponta do Capitão para Este e a Ponta da Lomba Grossa para Oeste. O farol na ponta SE da Ilha, ilumina não só o Sul, o que é de grande vantagem para a navegação que vinda da América procura esta luz, mas também o canal entre a Ilha das Flores e a do Faial.
A Comissão encarregada em 1902 de propor as alterações a introduzir no Plano Geral aprovado em 1883, pronunciar-se-ia pela instalação na Ponta das Lajes de um aparelho de 2ª ordem, mostrando três clarões brancos de 15 em 15 segundos, cujo preço era de 49.000 francos.
O farol da Ponta das Lajes entrou em funcionamento em 10 de outubro de 1910. Tem uma torre com 16 metros de altura e 99 metros de altitude. Foi equipado com um aparelho lenticular de 2ª ordem (700 mm distância focal), sendo a fonte luminosa um candeeiro de nível constante a petróleo. A rotação da ótica era produzida através da máquina de relojoaria.
Em 1938 o candeeiro de nível constante foi substituído pela incandescência pelo vapor do petróleo.
Foi eletrificado através de grupos eletrogéneos em 1956 e a fonte luminosa passou a ser uma lâmpada de 3000 watts.
A potência da fonte luminosa foi reduzida em 1984 com a instalação de uma lâmpada de 1000 watts 120 volts.
O farol foi eletrificado em 1990 com energia da rede pública.
Em 3 de outubro de 2000, começou a funcionar um farolim provisório devido a obras de remodelação. Foi retirado em 18 de outubro de 2001.
O farol sofreu obras de remodelação no valor de 130.000 contos, ficando munido da mais moderna tecnologia, apoiada em meios informáticos a partir de 2001. Os técnicos poderão entrar no sistema do farol a partir da Central de Faróis em Paço de Arcos. Está automatizado com sistema modelo DF.
Entre 26 de maio e 27 de outubro de 2008, foram reparadas as coberturas das habitações.
Em 25 de maio de 2009 foi instalada (VPN) uma Firewall Cisco ASA 5510, um Switch Cisco Catalyst 3560 de oito portas e um telefone Cisco SIP Phone 3911,ficando disponível o acesso à Rede de Comunicação de Marinha.
LOCALIZAÇÃO: Na ponta SE da Ilha das Flores
FUNÇÃO: Costeiro
ESTABELECIMENTO: 28 Janeiro de 1925
LATITUDE: 39º 22,46´N – 39º 22,54’ N (WGS)
LONGITUDE: 31º 10,35´W – 31º 10,61’ W (WGS)
ALTURA: 16 Metros
ALTITUDE: 99 Metros
ALCANCE: 26 Milhas (48,2KM)
CARATERÍSTICA: FI (3) W 28s
ÓPTICA 2ª Ordem (700 mm distância focal).